สมาคมเทคโนโลยีชีวภาพแห่งประเทศไทย พัฒนามาจากชมรมเทคโนโลยี ชีวภาพ ซึ่งเป็นการรวมกลุ่มกันของผู้ที่สนใจวิชาการทางด้านเทคโนโลยีชีวภาพ โดยเริ่มต้นอย่างจริงจังครั้งแรกเมื่อปลายปี 2531 ในการประชุมวิชาการของโครงการวิจัยแลกเปลี่ยนระหว่างประเทศไทยกับประเทศญี่ปุ่น ซึ่งมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ เป็นเจ้าภาพจัดการประชุม จากการประชุมครั้งนั้น ทำให้เกิดแนวความคิดที่จะจัดการประชุมร่วมกันระหว่างกลุ่มผู้สนใจวิชาการทางด้านเทคโนโลยีชีวภาพขึ้น ทั้งที่ เป็นอาจารย์ นักวิจัย นักวิชาการ และบุคคลในหน่วยงานต่าง ๆ ของภาครัฐ รัฐวิสาหกิจหรือบุคคลจากบริษัทเอกชน เพื่อเปิดโอกาสให้มีการพบปะแลกเปลี่ยนความรู้ ความคิดเห็น และประสบการณ์ เพื่อรับทราบความก้าวหน้าในงานวิจัยและการนำเทคโนโลยีที่เกี่ยวข้องไปประยุกต์ใช้

จากแนวความคิดดังกล่าว ได้ส่งผลให้มีการจัดการประชุมวิชาการประจำปีอย่างต่อเนื่องทุก ๆ ปี นับตั้งแต่ปี พ.ศ. 2532 ซึ่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์เป็นเจ้าภาพจัดการประชุม ผลการประชุมทำให้ทราบว่าแนวความคิดร่วมกันในการก่อตั้งสมาคมฯ ได้รับการตอบสนองด้วยดี จึงได้ทำการจัดตั้งเป็นสมาคมเทคโนโลยีชีวภาพแห่งประเทศไทยตั้งแต่ปี พ.ศ. 2534